随着时间的推移，预计到2026年，全球益生菌市场将达到约783亿美元。在保健食品中，益生菌产品受到了专业人士和普通民众的高度认可，成为市场的热门品类。台湾在发酵技术方面也是国际上的佼佼者。针对益生菌产品种类繁多，涉及菌种、菌株、活菌数等术语，台湾大学生化科技学系名誉教授潘子明在新著《潘子明益生菌健康研究室：科学实证益生菌对8大病症的保健功效》中阐述了15个重要概念：
- 益生菌 ≠ 乳酸菌：
益生菌并不等同于乳酸菌，尽管大多数益生菌属于乳酸菌中的双歧杆菌和乳杆菌。根据联合国粮农组织/世界卫生组织（FAO/WHO）的定义，益生菌是一类活的微生物，当摄入足够量时，可以对人体健康产生益处，包括调节肠道菌群、促进营养物质吸收和调节免疫等。而乳酸菌（lactic acid bacteria, LAB）是一般指能发酵醣类并主要生成乳酸的细菌总称，而非一个严格的微生物分类名称。
- 死菌也有保健功效但非益生菌：
标有“杀菌型”或“经过灭活处理”的产品表示其中不含活菌，不符合益生菌产品的定义。然而，如果菌株能产生“后生质”，仍可能具有保健功效。选购时需注意是否有足够的科学证据证明其保健功效，否则可能只是风味产品而已。
- 发酵乳、发酵乳饮品、乳酸饮料的营养价值有差异：
乳酸菌产品可以大致分为三类，其中最大的区别在于乳酸菌和蛋白质的含量。从营养价值来看，发酵乳＞发酵乳饮品＞乳酸饮料。乳酸饮料中没有活菌，因此归类为休闲饮品。
- “益生质”是益生菌的食物，非益生菌：
益生质，又称益生元，虽然不能被人体消化，但可促进肠道有益菌的生长繁殖，从而促进人体健康。通常情况下，益生菌和益生质合理搭配使用效果更佳。
- 选择适当菌株和菌种具体功效：
并非所有益生菌的作用都相同，因此民众可以根据需求选择适当的菌株和菌种，以实现保健功效。然而，活菌数越多，并不意味着益生效果越好，重点在于菌株的特性。
- 活菌数越多，不一定益生效果越好，关键是菌株的特性：
许多产品在网上宣传拥有数百亿的活菌数，潘子明提醒民众要擦亮双眼，不要被这种手法所欺骗。不同的菌株有不同的功效剂量，因此应选择经临床试验证实功效的产品，而不仅仅是看活菌数的多少。
- 一种产品所含菌株越多，效果并不一定越好：
不同菌株之间可能会产生相乘效应，但并非所有菌株组合都有效果。潘子明指出，曾经审查过一款标称含有78种菌株的产品，但制造商却无法回答具体是哪78种菌株。卫生福利部对于申请健康食品标章的保健产品，要求进行最终产品的功效评估。
- 益生菌并非万能药，不能治愈所有疾病：
益生菌不能治愈所有疾病，但目前大多数科学家认同，它们可以调节肠道菌群，促进营养物质在肠道内的消化、吸收和代谢，从而有益于人体健康。
- 聪明选择添加成分，有添加并不等于不好：
一些添加成分对身体保健有帮助，如寡糖类、糖醇类或膳食纤维，都属于益生质，可以促进益生菌的生长和繁殖。麦芽糊精是赋形剂，可以防止益生菌结块，延长保存期限，提高益生菌的稳定性。
- 益生菌产品通常不会太甜，无需因糖量而避免食用：
曾经有某品牌的益生菌发酵乳添加了大量糖，引发了民众抗议，卫生福利部已要求将额外添加的精制糖降至每份25克以下。
- 长期食用益生菌不会导致依赖，但需要结合健康生活方式：
长期食用益生菌不会削弱肠道自身繁殖有益菌的能力，也不会使人产生依赖。然而，仍需结合适宜的饮食和生活方式，不宜长时间大吃大喝或每日熬夜，否则即使摄入大量益生菌也无法实现健康效果。
- 长期食用益生菌有益于肠道健康：
肠道益生菌约每7至14天进行更替，其更新速度较快，因此需要定期补充益生菌，以有助于维持肠道的健康。
- 益生菌的作用不因人种差异而变，但对特殊病患需慎重：
潘子明建议民众选择经过安全性评估的产品，但对于免疫缺陷患者、危重病患等特殊人群，在使用之前应征询医师的意见。
- 低温存储效果更好：
购买益生菌粉或发酵乳时，低温存储效果更佳。同时，具备卫福部健康食品标章认证的产品通常较为可靠。
- 空腹食用益生菌效果更佳，避免与高温饮品搭配：
空腹食用益生菌有利于其发挥功效，应避免使用高于摄氏40度的热水来搭配益生菌，因为高温会杀死益生菌。